Vor rund 900  Jahren, am 1. September 1104, wurde der Ort Gottstedt erstmals als Gotenstete in einer Urkunde des Mainzer Erzbischofs Ruthard erwähnt. Sie bestätigt die Übergabe der Dorfkirche an das Erfurter Peterskloster. Das war zu Zeiten als es noch keine Grundbücher gab und Besitztümer in erzbischöflichen Dokumenten festgelegt wurden um unberechtigte Ansprüche neidischer, meist adliger Nachbarn juristisch abwehren zu können. 300 Jahre später trat Abt Günther das Gottstedter Besitztum an den Rat zu Erfurt für 600 Goldgulden ab. Die Urkunden und Schriftstücke weisen den Ort unter anderem als Gothinstete, Godtstedt oder Gottinstedte aus. Es war ein Filialdorf der Kirche von Alach, somit gewissermaßen an das Peterskloster gebunden und nicht wie die Nachbarorte dem Landgrafen gehörig. Die kleine Kirche mitten im Dorf ist dem heiligen Georg geweiht. Der Turm stammt aus dem späten 11. Jahrhundert oder frühen 12. Jahrhundert, wie die Würfelkapitälchen an den gekuppelten Fenstern erkennen lassen. Das Kirchenschiff wurde erst später hinzugefügt und bereichert das sakrale Bauwerk daher um gotische Elemente. Das Dach des Kirchturms, so wie man es heute bewundern kann, wurde erst in der Barockzeit aufgesetzt. Die Spuren der Geschichte sind an der Kirche unübersehbar. Stark ausgewittert sind ihre Mauern aus Kalk- und Sandstein.
Das Leben in der kleinen Gemeinde Gottstedt vollzog sich ohne größere Unregelmäßigkeiten. Die Arbeit auf dem Felde, in der guten Stube oder mit den Tieren bestimmte den Tagesrhythmus. Die Dorfbewohner Gottstedts blieben nicht von den Plünderungen und Drangsalierungen der napoleonischen Truppen nach der Völkerschlacht bei Leipzig verschont. Die Gemeinde konnte sich jedoch schnell davon erholen und wieder dem dörflichen Leben nachgehen. Der Ort hatte das Braurecht und ein Brauhaus, wobei das Malz von Erfurt bezogen werden musste. Interessant ist eine Statistik, wo vor 100 Jahren festgestellt wurde, dass in den Orten auf der Alacher Höhe mehr übergroße Menschen als anderswo lebten. In Alach waren es 9 Prozent Übergroße und Gottstedt hatte die Spitze mit 40 Prozent Übergroßen.
Das Bild des Dorfes hat sich in den letzten 10 Jahren erheblich verändert. Eine kleine Neubausiedlung prägt nun den Charakter des Ortes. Die Gemeinde hat derzeitig etwa 230 Einwohner, wobei sich die Hälfte der Bewohner auf den alten und neuen Ortsteil aufteilen.